En viktig del av internkontrollen er et levende avvikssystem. For at det skal fungere må man ha en HMS-kultur der det ikke bare er godtatt, men forventet, at medarbeiderne på alle nivåer melder fra om avvik. Det må også være en trygghet for at avvikene følges opp og håndteres seriøst. Arbeidsgiver er ansvarlig for å etablere et fungerende system for avvikshåndtering.